Cancelaria de Stat a fost instituită în conformitate cu Legea nr. 64-XII din 31 mai 1990 cu privire la Guvern.
Sub aspect structural, la acel moment Cancelaria de Stat era constituită din conducere (ministrul de stat și viceminiștrii de stat), Secretariatul general, Direcția social-economică și Direcția financiar-administrativă, care aveau în componența lor mai multe secții.
În anul 1992 structura Cancelariei de Stat cuprindea Secretariatul Președintelui Republicii Moldova și Secretariatul Guvernului Republicii Moldova. Odată cu învestirea noului Guvern, în februarie 1997 a fost stabilită o nouă structură a Cancelariei de Stat. Secretariatul Președintelui Republicii Moldova se separă într-o instituție aparte, iar structura Cancelariei de Stat este compusă din 27 subdiviziuni interne și 8 instituții subordonate.
În baza Legii nr.376-XV din 18 noiembrie 2004 pentru modificarea Legii nr.64-XII din 31 mai 1990 cu privire la Guvern și Hotărârii Guvernului nr.1315 din 26 noiembrie 2004 "Cu privire la Aparatul Guvernului", Cancelaria de Stat a Republicii Moldova a fost reorganizată în Aparatul Guvernului Republicii Moldova.
Sarcina de bază a Aparatului Guvernului era asigurarea organizării activității Guvernului, prezentarea materialelor analitice și informaționale, pregătirea proiectelor de hotărâri, ordonanțe și dispoziții, precum și verificarea executării lor.
În conformitate cu Legea nr.21-XVIII din 18 septembrie 2009 pentru modificarea Legii nr.64-XII din 31 mai 1990 cu privire la Guvern, la 6 noiembrie 2009 Guvernul aprobă Regulamentul privind organizarea și funcționarea Cancelariei de Stat (Hotărârea Guvernului nr.657 din 6 noiembrie 2009).
Cancelaria de Stat are misiunea să asigure realizarea de către Guvern a prerogativelor sale constituționale privind politica internă și externă a statului și să exercite conducerea generală a administrației publice.
Viziunea autorității este construirea unei administrații publice centrale eficiente, transparente și orientate spre rezultate, coordonată de o instituție puternică și profesionistă, care sprijină prim-ministrul în implementarea priorităților naționale și atingerea obiectivului de integrare europeană, pentru bunăstarea cetățenilor.
Valorile Cancelariei de Stat sunt:
Integritate - Acționăm cu onestitate, transparență și responsabilitate în toate procesele guvernamentale, consolidând încrederea cetățenilor în instituțiile statului.
Eficiență și colaborare - Optimizăm procesele administrative și promovăm soluții moderne, prin coordonare eficientă, procese clare și decizii fundamentate pe date, pentru a garanta o guvernare performantă. În același timp, cultivăm cooperarea între autoritățile și instituțiile publice, mediul economic și societatea civilă, pentru a asigura coerența politicilor și rezultate durabile în interesul public.
Serviciu pentru cetățean - Punem oamenii în centrul deciziilor și acțiunilor noastre, promovând dialogul deschis între autoritățile administrației publice, comunități și mediul economic, orientat spre bunăstarea fiecărui cetățean.
Prin aceste valori, Cancelaria de Stat își reafirmă rolul de factor-cheie al bunei guvernări și al modernizării administrației publice.